El Hospital Universitario Torrecárdenas está dotado de 11 líneas de investigación troncales, de carácter transversal. A su vez, cada una de las Unidades de Gestión Clínica (UGC) está adscrita a sublíneas específicas en función de las áreas más específicas y concretas de investigación.
La división en líneas troncales y específicas es de utilidad para optimizar los recursos metodológicos e investigadores del Centro en función de las áreas y cargas de trabajo de los diferentes equipos.